Biomek+Echo: 高通量、低成本NGS建庫的秘訣

在過(guò)去十多年里，隨著(zhù)二代測序技術(shù)的發(fā)展，測序成本已經(jīng)下降了幾個(gè)數量級，但是二代測序樣品文庫制備成本仍然高昂，過(guò)程依舊復雜。微生物及病毒全基因組測序能幫助科學(xué)家們確認基因組編輯正確性，解析病原的變異及進(jìn)化，是高通量基因編輯和調查微生物組、病毒學(xué)研究的常規工作。液體處理專(zhuān)家貝克曼庫爾特創(chuàng )新推出Biomek i5+Echo 525超高通量自動(dòng)化整合系統，幫助您實(shí)現二代測序文庫構建中的高通量和低成本的需求。

圖1. Biomek i5 +Echo 525整合系統。通過(guò)將Echo 525快速、精|確的聲波移液技術(shù)與Biomek i系列工作站強大而靈活的功能相結合，可以將文庫制備工作提高到超高通量。

我們使用illumina Nextera XT DNA試劑盒，以3種不同的微生物樣品類(lèi)型（蠟狀芽孢桿菌，大腸埃希氏菌，紅球菌）進(jìn)行實(shí)驗，測試了該微量化方法的有效性。Biomek i5+Echo 525 整合系統的微量化文庫制備方案可將反應體系縮小20倍，降低每次反應的試劑成本；可單次處理384個(gè)樣品，提高樣品處理通量。 值得注意的是，根據Illumina的標準推薦實(shí)驗流程，手工操作8個(gè)樣品的時(shí)間約為3小時(shí)。利用Biomek i5 +Echo 525整合系統，完成384個(gè)樣品的文庫制備僅需4小時(shí)，該時(shí)間包括了試劑分裝和孵育。試劑分裝利用選擇性吸頭移液功能，可處理靈活多變的樣品數量。微量化文庫制備使更高的通量成為可能，而無(wú)需大幅增加時(shí)間。

圖2. 微量化Illumina Nextera XT文庫制備的自動(dòng)化流程。灰色代表Biomek i5完成步驟，藍色代表Echo 525完成步驟，紅色代表手工干預步驟。Echo用于反應體系構建及Normalization/pooling；Biomek配置384通道加樣器，并具有選擇性吸頭移液功能，用于分裝Echo所需試劑并進(jìn)行產(chǎn)物純化；可選配臺面整合的PCR儀，用于PCR擴增和孵育，減少人為干預。

圖3.向導式的軟件操作界面（左），和臺面自動(dòng)校對功能 (右)。如左圖所示，在軟件操作界面上用戶(hù)可以選擇樣本數量，是否使用臺面整合的PCR儀，以及運行工作流程的哪個(gè)部分。具備臺面自動(dòng)校對功能（右圖），當操作人員完成耗材擺放后，工作站可自動(dòng)判定耗材擺放是否正確，對錯誤擺放位置進(jìn)行提示，確保程序運行前臺面擺放正確。避免由于人為擺放耗材錯誤，導致設備碰撞或試劑、時(shí)間損失。

Better together—— Echo + Biomek自動(dòng)化NGS建庫方案：

   文庫構建體系縮小20倍相應降低了試劑成本，無(wú)需吸頭的納升級聲波介導移液節省了耗材成本。

   單次384個(gè)樣品的處理，在單位時(shí)間內實(shí)現了超高通量的樣本處理。

   精|準的納升級至微升級移液技術(shù)及自動(dòng)化處理，是獲得真實(shí)結果的保障。

   向導式軟件操作界面和臺面自動(dòng)校對功能可減少人為操作失誤。

   強大的數據追蹤系統能實(shí)現樣本溯源及追蹤，保證數據對接準確性。

還等什么，快來(lái)向我們索取相關(guān)資料，更新你的實(shí)驗裝備吧！