貝克曼庫爾特｜NGS核酸純化之洗脫篇：用啥洗？加多少？洗多久？加熱嗎？

貝克曼庫爾特基于SPRI技術(shù)的AMPure XP及SPRIselect兩種NGS文庫純化和片篩試劑。該技術(shù)采用順磁性的磁珠、選擇性的結合特定大小的核酸，被眾多主流建庫試劑盒及測序專(zhuān)家選用。

那么，“金標準"還有優(yōu)化的空間嗎？讓原廠(chǎng)來(lái)給您專(zhuān)業(yè)的分析：?jiǎn)螐南疵?，有哪些?yōu)化的重點(diǎn)。

用什么洗？

如上圖所示: 在Tris or TE buffer (+/-EDTA)中，洗脫得率相比于純水有了顯著(zhù)提升。而PBS溶液（pH 6-8）的效果緊隨其后，且PH無(wú)顯著(zhù)影響。這可能與PBS中的鹽離子的存在有關(guān)。另一方面，從穩定性（CV）上看，Tris\TE\PBS洗脫都優(yōu)于水。

加多少？

如上圖所示：對比了不同加樣體積及洗脫體積的影響。所有的DNA起始濃度一致，因此洗脫體積越小，產(chǎn)物相對濃度越高(A)；但是由于磁珠也會(huì )占用一部分洗脫溶液的體積（約1 µL），產(chǎn)物濃度越高則這部分損失越多(B)；雖然小體積洗脫會(huì )得到影響核酸的得率，但是這并不是因為洗脫效率引起的：當投入量一致時(shí)，不同洗脫體積的得率無(wú)顯著(zhù)差異(C)。

洗多久？加熱嗎？

如上圖所示：在1分鐘的時(shí)候，洗脫已經(jīng)進(jìn)入平臺期（非指數期）提示大多數核酸已經(jīng)洗脫下來(lái)。不加熱的情況下，1分鐘與20分鐘洗脫相比，1分鐘的量顯著(zhù)偏低（p < 0.01)。從2分鐘洗脫開(kāi)始，無(wú)顯著(zhù)差異。加熱至60度后，洗脫速度更快：1分鐘與其他時(shí)長(cháng)無(wú)顯著(zhù)差異。

小結

上述實(shí)驗通過(guò)使用lambda phage DNA (49 kb)，對貝克曼庫爾特的SPRI技術(shù)磁珠進(jìn)行測試，提示：

• 長(cháng)達49 kb的核酸片段2分鐘可以被充分洗脫。

• 使用Tris溶液可以提升洗脫效率和穩定性。

• 不同的起始及洗脫體積對洗脫效率影響不大。

• 但是小體積的物理限制會(huì )導致更多核酸損失于死體積。