CLD數據處理神器來(lái)了！

細胞系開(kāi)發(fā)的樣本數據要求: 

–整理來(lái)自不同的分析儀器的數據和處理不同文件格式 

–在不同的孔板和孔之間跟蹤 

–數據能長(cháng)時(shí)間保存和快速查找調用

使用Biomek工作站CLD整合系統配合三大軟件（Biomek，SAMI 和DART）幫您輕松完成數據處理。

細胞株開(kāi)發(fā)現面臨巨大工作量的數據挑戰。與任何篩選過(guò)程一樣，樣本通量帶來(lái)了數據量的挑戰。當使用多種分析工具以不同格式生成不同類(lèi)型的數據時(shí)，這就變得更加具有挑戰性。而且現在很多篩選要求多個(gè)方面的綜合結果來(lái)確定Hit Picking，因此其工作流要求必須使用這些hits的數據追蹤。在整個(gè)過(guò)程中，必須對數據進(jìn)行追蹤，以確保進(jìn)入生產(chǎn)的任何細胞株都有必要的歷史數據（例如單克隆性的證明），并且為了報告需要，所有的數據需要隨時(shí)快速被找到。

解決容易出錯的數據格式問(wèn)題

在Microsoft Excel中復制和調整數據也是上是一個(gè)容易出錯的過(guò)程 ，特別是當試圖關(guān)聯(lián)來(lái)自不同分析器的數據時(shí)。例如, 我們使用CloneSelect Imager來(lái)對細胞單克隆性和生長(cháng)測定，按行顯示報告結果(A1, A2, A3…圖1)。相反，我們使Octet HTX對IgG按列進(jìn)行滴度測定(A1, B1, C1，…，圖1)。如果有人試圖在Microsoft excel中按名稱(chēng)重新排序八位數據，則井仍然與CloneSelect數據不一致(A1, A10, A11…，圖1)。而自動(dòng)化軟件能很快處理該問(wèn)題，完成統一數據格式調整和編輯。

DART數據庫能儲存和自動(dòng)檢索數據

對于細胞株開(kāi)發(fā)過(guò)程，當我們在ClonePix 2設備上的半固態(tài)培養基上測定克隆特性時(shí)，首先產(chǎn)生了有意義的數據。在挑選過(guò)程中，ClonePix 2識別出的最初特征，如菌落大小和外部熒光（抗體分泌的標志）鏈接到帶條形碼目的板和孔中。當掃描條形碼時(shí)，這些數據可以自動(dòng)導入Biomek軟件。然后，作為液體轉移步驟的一部分，Biomek軟件會(huì )自動(dòng)移動(dòng)數據，因此數據可以隨著(zhù)樣本移動(dòng)而并行移動(dòng)（圖2A）。同時(shí)，數據也可以存儲在DART數據庫中，未來(lái)任何時(shí)候掃描孔板條碼時(shí)，相應的數據都會(huì )被自動(dòng)檢索出來(lái)。DART提供了不同時(shí)間交互的方法之間的鏈接（圖2B）—— 在諸如cell line開(kāi)發(fā)這樣的長(cháng)時(shí)間工作流程中，這是一個(gè)關(guān)鍵組件。

自動(dòng)關(guān)聯(lián)樣本數據

為了進(jìn)一步說(shuō)明細胞株開(kāi)發(fā)工作流程中的數據挑戰，我們將描述長(cháng)達數月的過(guò)程中的一天，并描述如何通過(guò)自動(dòng)化數據軟件工具克服這些挑戰。通過(guò)有限稀釋和識別單克隆孔進(jìn)行細胞株鋪板三周后，data移動(dòng)并用于以下步驟（圖3）：

在細胞株開(kāi)發(fā)的整個(gè)過(guò)程中，這些步驟都是重復的，這些步驟包括將檢測數據與樣品孔連接，將來(lái)自多個(gè)分析儀的數據關(guān)聯(lián)起來(lái)，使用數據來(lái)驅動(dòng)數據采集，并將所有數據提前以供追溯。此外，儲存所有潛在細胞株的數據是必要的，因為很多細胞株在后期會(huì )由于基因組不穩定或其他不需要的屬性而退出，而且不可能知道最終會(huì )選擇哪些細胞株用于細胞株庫。

快速瀏覽和數據可視化

為自動(dòng)運行存儲和利用數據只是問(wèn)題的一部分。您還必須能夠在需要時(shí)輕松地訪(fǎng)問(wèn)數據，DART數據庫可以通過(guò)多種方便的方式訪(fǎng)問(wèn)。為了以用戶(hù)友好的方式進(jìn)行快速可視化，DART數據瀏覽器（圖4A）可以在Chrome瀏覽器中突出顯示方法、耗材和孔層面的數據。不僅可以遠程查看這些數據，還可以在運行期間刷新這些數據以使用實(shí)時(shí)數據進(jìn)行更新。為了以可用的形式導出數據，可以使用DART報告生成器在Excel中生成報告，使用一個(gè)簡(jiǎn)單的界面來(lái)選擇要包含在給定報告中的數據。所有這些都可以在不借助IT資源的情況下完成——這是一些大型數據管理系統的常見(jiàn)需求。

對于像細胞株開(kāi)發(fā)這樣長(cháng)達數月的工作流程，數據丟失或錯誤的風(fēng)險更大，因此，確保數據完整性的工具至關(guān)重要。Biomek和DART軟件通過(guò)使數據完整性過(guò)程自動(dòng)化且易于獲取，可以為細胞株開(kāi)發(fā)過(guò)程提供真正的價(jià)值。

*以上內容涉及設備僅適用于科研和工業(yè)，不用于臨床診斷。